南京浦口有南京信息工程大学、南京工业大学、南京审计大学、南京农业大学、江苏第二师范学院、南京铁道职业技术学院、江苏警官学院、南京大学金陵学院、东南大学成贤学院等9所高校。

南京信息工程大学是一所以大气科学为特色的全国重点大学，由江苏省人民政府、中华人民共和国教育部、中国气象局、国家海洋局共建，是国家首批世界一流学科建设高校、江苏高水平大学建设高校，中国高校行星科学联盟成员，入选国家2011计划、国家特色重点学科项目建设高校。

南京工业大学简称南工，是国家国防科技工业局、住房和城乡建设部与江苏省共建高校，入选国家2011计划、111计划、卓越工程师教育培养计划，是国家首批深化创新创业教育改革示范高校、全国高校实践育人创新创业基地、专业学位研究生教育综合改革试点高校、江苏省综合改革试点高校、江苏省人才强校试点高校、江苏省落实科技创新改革30条试点高校、江苏省高水平大学建设重点支持高校、江苏省重点建设高校。